但俄罗斯记者通过采访许多与贝利亚后期接触过的人认为，这位曾专横拔扈、嚣张一时的克格勃头子确实是经过合法审判后被枪毙的。斯大林逝世后，贝利亚成为苏联部长会议第一副主席，控制着改组后的内务部（包括情报局、反情报局和原克格勃所属的一些部门），但随着时间的推移，贝利亚逐渐意识到，国家已经改朝换代，他的末日即将来临。为了准备退路，他开始把手中掌握的苏联国家领导人的“黑材料”转移到较为安全的地方，以应付不测。

为防止出现意外，赫鲁晓夫逮捕贝利亚时没有使用克格勃系统的力量，而是调动了莫斯科军区防空部队。据一位参加这次行动的军官说，为逮捕贝利亚，防空部队组织了特别行动小组，深夜被秘密带到克里姆林宫。待贝利亚出现后，特别行动小组突然出击，控制了贝利亚，并把他直接押解到一个防空洞。

贝利亚从来未受过如此“礼遇”，还愤怒地咆哮道：“你们什么也不懂，你们知道我是谁，是我制造了导弹。”面对贝利亚的嚣张气焰，克里姆林宫采取了拖延战术，首先在精神上击垮他。贝利亚精神防线被摧毁后，专案组趁热打铁，不仅使他承认了所有罪行，还逼他交出了隐藏的“黑材料”。1953年12月23日，苏联最高法院做出判决，判处贝利亚死刑并执行枪决。

一位参加行动的军官透露，原来说贝利亚是被捆在一块木板上而被开枪打死的。事实上，行刑人员出于对贝利亚的仇恨，还未等他被捆上就在楼梯处开了枪。后来，有人建议把贝利亚的尸体放在强碱中焚毁。当时防空洞中正好有一存有强碱的容器，大家就把尸体扔进容器中。这样，贝利亚的尸体就被焚烧掉了，案卷中也未留下他死亡的记载。

俄最高法院在对这一厚达50卷、至今仍盖有“绝密”封条的案卷进行核查时，虽然发现原苏联最高法院对刑法个别条款的适用有些牵强，如贝利亚等人被指控与14个国家的情报机关合作等，但从整体来看，贝利亚等人的主要犯罪事实均被查证，证据确凿，量刑适度，因而不在平反之列。为贝利亚等人翻案的诉讼请求遂被驳回。

这一决定为这位斯大林时期亲手制造千百万血案的刽子手的罪行再次下了定论，至于贝利亚是如何被处死的只能有待历史学家来考证了。