以飓风般的速度安顿好市民后，红色高棉立刻着手改造旧政府官员、军人以及专业技术人员、知识分子和僧侣，他们认为，这批人是新社会的毒瘤，且不易改造，必须从肉体上予以清除。红色高棉在全国建立了严密的监视网，宣称“革命组织有像菠萝那么多的眼睛”，依靠监视网和军队，进行了大规模清洗，连戴眼镜的人都被当作旧知识分子杀掉。最后全国只剩下不到10个包括医生、技术工人在内的专业人才。1976年，当潜在的敌人先后被以肉体和精神方式改造成功后，波尔布特将目标转向党内，他说“党的躯体已经生病了”，急需治疗，于是大批党内人员被血腥清洗。为适应波尔布特的定期搜索细菌计划，康克由麾下的“奥斯威辛”S-21监狱在红色高棉执政期间一直高速运转，被抓到这里的人都要被送至杀人场。

红色高棉的革命试验换来的是国家政治、经济和社会的迅速倒退，尤其是以生产大米为基调的农业国建设使物产丰饶的柬埔寨竟然满足不了公众的温饱，饥饿、过度劳作造成了大量百姓的死亡。长期以来，该时期的死亡人数统计一直争议很大，波尔布特临死前在接受美国记者采访时说是80万，洪森政府公布的官方数据是70万，而目前估算最高的是200多万，耶鲁大学大屠杀研究项目在对红色高棉执政前后人口统计以及执政前连年内战造成的伤亡和生老病死等因素进行谨慎的研究后，认为死亡人数当在170万左右，占该国人口的五分之一左右。

制造如此国难的红色高棉领导人却依然在创造庄严的名字掩盖自己的罪恶，波尔布特临终前还认为自己“只是要斗争，不是要杀人，我的良心是清白的。”乔森潘在被捕前还出版了自传，极力为波尔布特等人辩解，声称他们是在寻求社会正义。