周恩来没有参与毛泽东亲自发动和领导的“文化大革命”的酝酿准备工作，对许多事情并不知情，因而缺乏思想准备。但是，当时他没有怀疑毛泽东发动“文革”的初衷是“反修防修，防止资本主义复辟”。现在看来，当时，毛泽东、周恩来等中央领导同志对“修正主义” 和“资本主义复辟”的理解是含混不清、不准确的；而且他们对当时中国国情的估计也是不切实际的。长期以来，周恩来对毛泽东是尊重和信赖的，认为毛泽东总是站得高、看得远、想得深，即使在一些问题上出现不同意见，总是要求自己从积极方面去理解，去跟进。因此，他对毛泽东亲自发动和领导的“文化大革命”，总体上表示拥护，并力求“加深理解，跟上形势”。

“文革”初期，周恩来根据当时对毛泽东亲自发动和领导“文化大革命”的初衷的理解和认识，总体上是拥护和支持的，在国内外讲话中多次表示过。1966年6月27日，他在阿尔巴尼亚地拉那群众大会上说：

“在社会主义国家里，如何防止修正主义篡夺党和国家的领导权，如何防止资本主义复辟，不断巩固和发展社会主义，还没有一套完整的经验。这几年来，我们党根据毛泽东同志的教导，采取了一系列根本性的措施，来避免修正主义篡夺领导，防止资本主义复辟。最近几个月来，我国轰轰烈烈展开的文化大革命，是意识形态领域内的一场十分激烈的阶级斗争”， “归根到底，是一场复辟与反复辟的斗争”。“这一场挖修正主义根子的斗争，将进一步巩固我国的无产阶级专政。”

如果说，《五·一六通知》是从理论上全面发动“文革”的一个重要标志，那么，中共八届十一中全会通过的《关于无产阶级文化大革命的决定》，简称《十六条》，以及毛泽东《炮打司令部——我的一张大字报》和他《给清华大学附属中学红卫兵的信》，则是在实践上全面发动“文革”的重要标志。中共八届十一中全会公报一发表，从北京到全国各地立即掀起了“文革”狂飙。

随后，8月18日，毛泽东在天安门接见北京市大中学校的红卫兵，同首都百万群众共庆“文革”的开展，进一步震动了全国。刘少奇、邓小平和其他中央政治局常委都出席了这次群众大会，并在大会主席台上按中共八届十一中全会改组的结果排列顺序，刘少奇降为常委中的第七位，公布了中共中央高层的重大人事变动。

“八·一八”大会使广大红卫兵受到极大鼓舞，成为“文革”的急先锋。“红卫兵运动”的兴起，大批以“红五类”出身为主体的大中学生，冲出校园，走向社会，把“文革”狂飙进一步刮向全国各地。他们以破“四旧”为名，到处抄家，捣毁文物，更改街名，揪斗老师、领导干部、爱国民主人士和高级知识分子，肆无忌惮地进行侮辱、打骂，甚至任意诬蔑一些领导干部是“黑帮”，诬蔑一些专家学者是“反动学术权威”，诬蔑一些教师是“牛鬼蛇神 ”，诬蔑一些群众是“黑五类”，致使许多人或被打致伤、致死，或被“扫地出门”。

对于“红卫兵运动”中出现的种种违反党和国家政策、法律、制度的恶劣行为，及其造成的骇人听闻的罪恶事件，周恩来忧心忡忡，困惑不解。1966年8月22日，他在清华大学全校师生员工大会上讲话时，就表露过当时的这种心情。他不解地说：“八月八日的《决定》(指《十六条》。——引者注)现在公布十四天了，你们正在学习。为什么还有隔阂呢?就是因为有许多问题不清楚。有许多问题我们也不清楚。拿我来说，就很不清楚。”