另一种说法是，张汶祥最初与一个叫徐弁的同是太平军李世贤部战士。李世贤兵败后，徐投奔马新贻，成了马的亲兵，张汶祥则到宁波开小押店为生。一次，张到杭州访徐，徐密告他说马新贻正私通甘肃回王准备反清(马新贻是回民)，回王军队不日将南下，江浙一带由马负责征讨。张汶祥当场怒骂：“此等逆臣，吾必手刃之!”后又因马新贻下令取缔非法营业的小押店，张汶祥生计被断，出于国仇私愤刺杀了马新贻。

“督抚不和”之说在审案过程中得到了官方讨论

《清稗类抄》成书距刺马案未久，可见这些说法产生很早，但都只在民间流传，而马死于“督抚不和”的说法却得到了官方讨论，此说是案件审理过程中由太常寺少卿王家璧正式提出的。

当时江苏巡抚丁日昌之子丁惠衡犯了案子，归马新贻查办。王家璧认为丁向马“请托不行，致有此变”。他还说这个传闻流传很广，而且传播得很远。丁日昌“本系矫饰倾险小人”，江南官员那么多，大家偏偏怀疑他，未必是空穴来风。清廷向来鼓励官员“风闻言事”，王家璧此举也是人臣本分。但他的奏折当时就遭到了主审官郑敦谨的否定，郑认为丁惠衡的案子始终都是丁日昌大义灭亲，自行奏办，不会向马请托，当然也不会有怀恨杀人的事。事实的确如此，况且丁惠衡当时尚未投案，未经审理，更没有被杀头，丁日昌恐怕不至于因为走后门不成就动了杀心。

此外，章士钊认为：“夫文祥，官文书明明宣称洪秀全余党，粤捻两通，而其报仇远因，则在南田围剿一役。”章先生所说的南田洪秀全余党，在张汶祥的供词中是海盗，与太平军毫无干系。这很可能是章先生把张汶祥参加太平军的经历与海盗混淆了。说张汶祥为太平军报仇，可能性似乎不大。

湘军集团是元凶的说法缺乏扎实的证据

马新贻死于湘军集团策划的政治谋杀案的说法起源也比较早，其中论述最全的是高尚举的《刺马案探隐》。他认为，在镇压太平军的过程中，曾国藩的湘军实力逐步做大，成了朝廷心腹大患，于是慈禧把曾国藩调离两江总督的位子，派马新贻担任，以牵制湘军势力。另外，马还肩负着调查太平天国财宝去向的慈禧密令。马的到任触动了湘军集团的利益，所以湘军指使张汶祥刺杀了马新贻。

随着电影《投名状》的上映，高先生观点多次出现于报刊网络，被认为最接近真实。但是仔细阅读完高先生的著作后，很容易就会发现他的说法难以让人信服。如作者说湘军将领曾给张汶祥立碑。这是一条关键证据，可是出处在哪呢？不注明资料来源是史书大忌。而高先生的著作还有另一大硬伤，那就是小说化。如写钦差张之万等三位主审官欲将案件拖延，大事化小，小事化了，三人商议的具体情节、对话、各自表情动作，作者描绘得栩栩如生，如同亲见，这显然是一本历史考证著作不应该有的。而细究之下，这些情节描写竟然出自高阳的《慈禧大传》！有兴趣的朋友可以两相对照，就可知此言不虚。这就非常难以置信了，高阳先生虽然深谙清史，但是其最成功处在于小说，小说中真真假假，怎么可以拿来做史料看呢？

此外高先生虽然指出了马新贻死于湘军主使的一些蛛丝马迹，但并没有给出任何确凿证据，作者提出的一些理由也多经不起推敲。如慈禧密令马新贻调查太平天国金银的下落以及马新贻上任前对兄长表示自己凶多吉少，这两条关键证据，据作者所说，是得之于马新贻后人，这就使其可靠性大打折扣。所以马新贻死于湘军的说法，尽管存在这样的可能，但还缺乏扎实的证据。