但是认为科学方法具有普适性，能够应用于社会科学和人文学领域，却并不荒唐，而且早已变成了现实。“科学主义”一词出现于19世纪下半叶，科学的蓬勃发展已经开始触及到人文领域时，引起了某些人文学者的反对，他们试图用“主观”的人文研究方法来对抗“客观”的科学研究方法，批评那种想把科学方法应用于人文学研究的思想为科学主义。

这种对抗是徒劳的。传统上被认为与科学无缘的一些领域，今天已经在广泛地应用科学方法，例如社会学、经济学、心理学、政治学、伦理学乃至宗教学。这是“科学主义”的胜利。可以预料，科学方法在以后将会得到越来越广泛的应用，不断地冲击着人们的传统观念。毕竟，科学方法是人类所能掌握的最可靠的研究方法，当然值得推广。即使不能应用于研究一切问题，在学术上做一下尝试也无妨。就连一直被国内某些人文学者抬出来作为反对科学主义的旗手的哈耶克，也极力主张用生物学成果来解释社会现象，算得上是一位科学主义者。

许多人认为科学只能揭示客观事实，而不能提供价值判断，后者应该由哲学、宗教去做。这种观点并不恰当。客观事实会直接影响到价值判断，准确的价值判断也离不开客观事实。没有科学基础或违背科学事实的价值判断必然是盲目的。科学成果在今天对人们的世界观、价值观正发挥着越来越重大的影响。宇宙、意识、起源、人性……这些概念在以前只是哲学、宗教问题，在今天却是个科学问题。宇宙学、进化论、遗传学、认知科学、生态学等科学学科的研究成果都在挑战传统观念，影响甚至直接提供价值判断。