曾国华回到沈阳后，曾就这种不正常的事私下同参谋长王毓淮说，现在政治空气太紧张，办事如履薄冰，说话像过雷区，弄不好为一件事、一句话就可能完蛋。他此时的精神状态也不再像１９６７年初面对群众组织冲击机关时那样临乱不惊、敢作敢为了，而是谨言慎行，谨小慎微，不出头，少露面，靠例行公事度日子。

１９６８年冬，曾国华被任命为空军副司令员，他这才松了一口气，脸上才有了笑容。１９６８年底，曾国华到北京赴任，分管空军作战训练工作。１９６９年４月，曾国华参加党的第九次全国代表大会，并被选为中共第九届中央委员。

１９６９年１０月，林彪向全军发出进入战备的“第一个号令”，曾国华和吴法宪一起坚决执行。他作为空军作战训练的分管者，组织司令机关调动全空军进入“战备状态”。

为了尽快掌握全空军的部队情况，他用近一年的时间，将沈空以外的其他６个军区空军及其所属部队、基地跑了一遍，和部队领导干部交谈情况，听取意见，掌握第一手材料。在机关里，曾国华常去空军指挥所了解空中动向，掌握有关备战信息。他又和作战部长、训练部长保持密切联系，这两位部长每周都数次进出他的办公室，汇报情况，请示问题，商量改进工作的措施。每逢五一、十一节日集会，曾国华又在天安门城楼与空军指挥所保持联系，以警戒首都节日安全。

１９７０年９月，曾国华去庐山参加党的九届二中全会。会上，他又听了吴法宪打的“招呼”，上次是“选举中央政治局委员”问题，而这次是“设国家主席”和“天才”论，并说“谁反对林副主席，就坚决粉碎他”。但是，没等轮上曾国华发言，会议风向就转了。事后，他还庆幸地说，我如果发言也讲错了。

１９７１年，曾国华因频发心脏病，在医院治疗和休养了几个月。“九一三”事件后，曾国华因工作中与吴法宪走得较近，支持过吴法宪抛出的“两个一切”，曾和吴法宪执行过林彪的“第一个号令”，又在中央全会上听过吴法宪的“招呼”，于１９７１年１０月进空军学习班接受审查。１９７７年１０月，曾国华因心脏病加重住院，１２月３１日突发脑梗，1978年１月３日在医院逝世。