在西路军全部人马已不足万人，伤病号占1/3，处境十分危急时的1937年2月13日，西路军军政委员会致电中央说：“我们详细考虑及根据百余日苦战的教训，认为四军、三十一军此时不能归还建制夹击二马，则西路军无法完成西进任务。决心在甘州、抚高地区乘机击敌，俟天气稍暖即转到西宁、大通一带活动。因拼战而不能根本战胜敌人，持久消耗实为不利也。”17日中央复电陈徐，不同意西路军出青海大通的意见，并指出：“你们（对）过去所犯的政治错误，究竟有何种程度的认识？何种程度的自我批评与何等程度的转变呢？我们认为，你们今后的胜利是与（对）过去政治错误的正确认识与彻底转变是有关系的，你们认为是否如此呢？”这个电文把当时的行动方针问题与历史上的政治路线问题紧紧地捆绑在一起，它给西路军军政委员们特别是主席陈昌浩的政治压力可想可知。21日晚，西路军重返倪家营子。党中央及军委致电西路军，要求他们：“望全体指战员，坚持党和红军的光荣旗帜，奋斗到最后一个人，最后一滴血，绝境中求胜利，全党和全体红军誓为你们的后盾。”24日陈昌浩、徐向前致告急电文汇报险恶的处境，在表示“战至最后一滴血”决心的同时，恳请中央抽调“八个足团，一两千骑”驰援；26日军委主席团复电要求他们“固守五十天”。可是，在弹尽粮绝，伤亡惨重及马家军赶尽杀绝的情况下，最后直至全军覆没。

陈昌浩1937年8月下旬潜回延安之时，中央正在开展对张国焘路线的清算，西路军失败已与张国焘路线联结在一起。3月31日，中央政治局扩大会议上作出的《关于张国焘同志错误的决议》下了定论：西路军向甘北前进与西路军严重失败的主要原因，是由于没有克服张国焘路线。这种定性结论一旦作出，就没有什么好商讨的了，从此成为铁案和研究禁区，直到“两个凡是”被否定之后，人们才敢于触及西路军兵败这个禁区。

上个世纪80年代初，朱玉同志奉组织之命，帮助徐向前元帅整理回忆录。他从文献史料中惊异地发现了毛泽东下令四方面军人马西渡黄河和成立西路军的电文，以及其他一些人们所不知晓的情况，进而在史学界首次提出了西路军问题的现有定性、定位很为不妥。毛泽东电文的发现，说明大军西进是领受了党中央的命令肩负打通国际路线重大使命，以接应共产国际给予党和红军的物资接济，并策应河东红军和友军的战略行动而向西战斗前进。

李先念接到小平同志批转的朱玉的汇报文件和批示后，派人用不少精力和一年时间广为查阅中央档案中的大量电报文件，并结合自己当年在陈昌浩、徐向前指挥下，率军渡黄河、战“走廊”、过祁连山、出星星峡进入新疆的亲身经历，于1983年2月写出了《关于西路军历史上几个问题的说明》。他在文中归纳说：“上述主要历史事实说明，西路军执行的任务是中央决定的。西路军自始至终都在中央军委领导之下，重要军事行动也是中央军委指示或经中央军委同意的。因此，西路军的问题同张国焘一九三五年九月擅自命令四方面军南下的问题性质不同。西路军是根据中央指示在甘肃河西走廊创立根据地和打通苏联，不能说是‘执行张国焘路线’。”李先念将此《说明》送给了陈云同志阅看。陈云是1936年秋从共产国际(莫斯科)专程赴新疆去迎接西路军的，是这段历史的知情者和重要见证人之一，具有对李先念《说明》鉴定判别的资格和发言权。

1983年3月8日，陈云对李先念的《说明》作出文字表态：“先念同志：你写的关于西路军历史上几个问题的说明和所有附件，我都看了两遍。这些附件都是党内历史电报，我赞成把此件存中央党史研究室和党的中央档案馆。先请小平同志阅后再交中央常委一阅。”