就在挖掘进行地如火如荼时，1987年2月17日晚，当地5个村民翻窗进入秦俑馆，撬开考古队的杂品库，在堆满考古工具的库房里，偷走一个将军俑头。

这个价值约40万的俑人头，在半年后被追回。首犯被处以死刑。

而考古队的发掘工作又被叫停，省文物局责成队长石兴邦作深刻检查；撤销王学理一切职务、取消个人发掘领队资格两年。

6月16日，现年75岁的王学理接受采访时说，当时被盗的将军俑头应是先前“秦俑考古队”与秦俑馆交接时的物品，责任不该单独由他们考古队承担。

陕西文博考古“改制”

秦俑馆获准成立秦俑考古分队，获权挖掘兵马俑坑，编写的兵马俑发掘报告引起世界轰动

由于“将军俑头”案的发生，考古所永久失去了挖掘秦俑的机会。

1988年6月23日，陕西省文物局再次对文博考古制度进行调整。

省文物局下发通知指出，原先的体制不顺，工作脱节，也不利于各项工作的管理和开展。并且发生文物丢失，造成严重损失。

为了扭转这一局面，陕西省文物局决定，在秦陵考古队下成立秦俑分队，全面负责承担秦俑馆内一、二、三号坑的考古发掘工作。

但这支“秦俑分队”其实并不再属于考古所。

省文物局的通知表示，秦俑分队，行政上受秦俑馆领导，业务上仍受省考古所指导。秦俑分队所需考古业务人员原则上由秦俑馆自己设法解决。

于是，发掘秦俑的权利从省考古所被划到了秦俑馆。

1988年，陕西省考古研究所副所长袁仲一调任秦俑馆馆长，同时兼任考古所副所长。

在袁仲一的主持下，秦俑馆先申请发掘的是兵马俑三号坑，1989年9月27发掘结束，并对外开放。这个坑很小，仅有62件武士俑，且是两面相对，夹道式排列。专家们认为，这是中国出土最早的军队指挥部。

随后，秦俑馆编写了《兵马俑一号坑考古发掘报告》和《铜车马考古发掘报告》，在考古界引起轰动。

后来袁仲一也被外界称为“兵马俑之父”。