美国政府的反应

军事行动
 
星条旗在世贸废墟中飘扬

美国士兵排列的文字：911，We Remember（我们永远铭记911）

《九一一报告》美国政府在事件发生后宣布将会对发动袭击的恐怖份子以及保护他们的国家发动军事报复。第一个打击目标就是阿富汗塔利班政权，理由是他们拒绝交出头号嫌犯本·拉登。早期有传闻称伊拉克也卷入袭击事件，但是至今依然没有证据证实该传闻。美国政府称“反恐战争”将会长期持续下去。

2001年9月19日，美国派出战斗机前往波斯湾军事基地。有报导称911后美国和英国派出特种部队潜入阿富汗，但被塔利班当局捉获。10月1日，美国、英国和阿富汗都否认了传闻。美国东部时间2001年10月7日下午12点30分（当地时间晚上9点），美国与支援的英国军队发动了对阿富汗的军事袭击，针对塔利班的军事、通讯设施以及可能的恐怖份子训练营投掷了炸弹。参见2001年美国对阿富汗攻击。奥萨马·本·拉登通过半岛电视台的卫星节目警告布什，如果美国动用核武器的话，他将会使用生化武器作为还击。2001年11月，由美英部队支持的阿富汗北方联盟控制了首都喀布尔。塔利班被迫撤离至坎大哈。有关之后的进展，请参见反恐战争。

国内反应

政府的各级部门展开了对事件的调查。美国政府在事件发生后立即秘密拘留、逮捕、盘问了至少1200人，大多数是非美国公民的阿拉伯或穆斯林男子。美国司法部也查问了5000名来自中东的男子。政府后来承认，当中只有10到15人与基地组织有关，但是无人牵涉九一一事件。但是目前依然有500人因触犯移民条例而被监禁，70名以色列人因违反旅游观光签证而被拘留。国会通过了400亿美元紧急拨款，还有大约200亿美元拨款用于航空公司补助。多部被指责为侵犯人身自由，为政府监视民众提供便利的法律也获得通过。10月10日，联邦调查局公布了“FBI恐怖份子通缉令”名单。

文艺作品

这次事件中，世贸中心倒塌的一幕，事后被改编成电影《世贸中心》，于2006年上映。另外，根据四架被劫持客机中的一架——United 93(联合航空93号)班机上所发生的事件而改遍的影片《United 93》，亦在美国及其他国家(地区)上映。