责任
 
在2004年的九一一事件纪念日，世贸中心双子塔楼遗址上亮起两束光柱，直射向纽约宁静的夜空

2005年12月的世贸遗址现场九一一后有很多报导称巴勒斯坦民主解放阵线宣称对事件负责，但很快遭到该组织一名高级官员的否认。也有报导称在约旦河西岸地区有举行自发庆祝活动，但是根据德国和瑞典媒体的报导，至少有一个类似的庆祝活动是事先安排组织的。现在已经发现，有一些媒体播放原有的录像档案来显示中东的庆祝活动。有说法认为这些庆祝活动跟九一一事件完全无关。但是后来的证据表明这些说法本身才是伪造的[3]。

巴勒斯坦领导人阿拉法特谴责袭击事件，并指出事件对巴以和平进程有负面影响。然而此事件对以色列政府来说或许确实是有正面影响的：当被问到世贸袭击事件对美以关系有何影响时，以色列前任总理本杰明·内塔尼亚胡脱口而出：“非常好（的影响）”。随后他纠正说：“哦，不是很好，但是会产生同情。”但是无论如何，美国国内对反对“恐怖主义”声浪的高涨，无疑令到以色列政府的工作更加轻松。

虽然本·拉登的阿尔盖达组织从未公开声明对事件负责，他们公开赞扬事件，并暗示该组织曾经幕后策画过整个事件。该组织发言人在一卷寄给卡塔尔半岛电视台的录像带（2001年10月播出）中说，“美国人应该知道，更多的飞机风暴将不会停止……在伊斯兰世界，有成千上万年轻人渴望牺牲，他们死的信念与美国人生的信念一样强烈。”

情报专家们开出一份可疑嫌犯的“简短列表”——所有有能力以及动机发动类似袭击的组织名单。非常肯定的是，所有劫机者都是阿拉伯人，没有一个有阿富汗背景；此外袭击的精心策划、规模以及事件后无人承认责任，这都与阿尔盖达组织以往的作风相近。值得注意的时，大多数劫机者都来自沙特阿拉伯，但是美国政府并没有对该国采取任何行动。还有值得注意的是，在劫机者名单公开后，其中的一些人公开宣布自己依然活着，而且在自己的国家正常生活。很多人感到不解的是，在航空公司的记录中并没有查到任何一个阿拉伯名字，那么边境检查人员怎么会让有着阿拉伯外貌却不使用阿拉伯名字的人登机的呢？更何况一架班机上有四到五个阿拉伯人同时出现却都不使用阿拉伯名字。

事件遭到国际社会的一致谴责，一些传统上采取与美国不太友好的国家领导人，如利比亚领袖卡扎菲、巴勒斯坦领导人阿拉法特、伊朗总统哈塔米以及阿富汗塔利班政权都公开谴责事件并对美国人民表示同情。唯一的例外是伊拉克总统萨达姆·侯赛因，他评论事件是美国霸权主义的后果。

美国政府事后承认，九一一当晚白宫就已经决定要更换伊拉克政权——虽然没有任何证据显示在宗教上较为开放的伊拉克萨达姆政权到底与信奉伊斯兰原教旨主义的基地组织之间有任何联系。布什政府通过利用九一一事件来挑起民意支持攻打伊拉克的作法令一些美国人感到愤怒，认为这种行为导致了许多美国人生命的无谓丧失，侵犯了许多美国人的自由，而且违背了美国立国时的根本原则。

部分人认为事件是美国的中东政策的结果，并相信武力报复只会招至更多的类似袭击。部分人认为，美国在全球的政治以及经济、文化的政策才是恐怖袭击事件的主要根源。根据这派的观点，美国对第三世界国家所进行的经济、文化与政治政策令一些国家的人民产生了普遍的反美情绪。不过不管怎样，绝大多数人还是同意，针对平民的恐怖主义活动是罪恶的行径，任何理由都无法为其开脱罪行。这个心态使布什政府对阿富汗与伊拉克的军事行动有合理（但合法性受质疑）的理由。

哈立德·谢赫·穆罕默德被捕时的照片2006年5月4日，美国联邦地方法院法官正式作出宣判，判处因911恐怖袭击事件而受审的基地组织成员穆萨维终身监禁，并不得假释。[4]5月23日，基地组织经常使用的一家网站公布了一段据称是本·拉丹的讲话录音说，是他本人指挥19个人实施了911袭击，但他从未指派穆萨维参与。[5]

2007年1月8日，德国汉堡高等法院宣布判处涉嫌参与911事件的摩洛哥男子穆塔萨迪克15年徒刑。[6]3月9日，基地组织海外军事活动首领哈立德·谢赫·穆罕默德（Khalid Sheikh Mohammed）在听证法庭上首度招认：“九一一行动从头到尾都是我负责主导。”他2003年3月在巴基斯坦被捕，被秘密关进美军关塔那摩湾基地。[7][8]8月21日，美国中央情报局解密并公布了其监察长办公室完成的一份机密报告的摘要。报告批评中情局在9.11事件前未能制定打击基地组织的战略，并建议对局长乔治·特尼特等官员进行惩罚。[9]