事后始末
 
五角大楼受袭瞬间在袭击当天，有媒体报道一些不满美国政策的人们举行庆祝活动。这些报道为已经普遍的反穆斯林情绪升级，很多美国人相信，回教徒应为此次事件负责。美国的主流媒体如《新闻周刊》（Newsweek）纷纷报道一些因遭受歧视而离开美国的穆斯林，其中不乏许多出生在美国并在美国接受教育的回教徒。虽然事件后没有组织宣布对事件负责，阿尔盖达组织公开赞扬了这次事件，并暗示他们就是幕后指使者。美国政府立即做出反应，公开表示会以军事手段打击事件的策划者。

9月底，前英国首相托尼·布莱尔援引西方情报机构手上证据指称本·拉登 ─ 一个沙特阿拉伯富豪，为事件的幕后主使。本·拉登是基地组织的头领，曾接受美国中央情报局的资助，后与阿富汗塔利班政权有密切关系。塔利班政权拒绝在无确凿证据的情况下引渡奥萨马·本·拉登或其他基地组织头目。由美国领导的联军在未提供塔利班政权承认的证据的情况下，于10月7日对阿富汗发动军事攻击。

在美国军事打击成功铲除塔利班政权后，联军在阿富汗首都喀布尔发现了一卷被遗弃的录像带，纪录的是本·拉登与其他一些基地组织成员讨论袭击活动，显示本·拉登对事件事先确实知情。

袭击事件发生大约1年多后，一封据称是奥萨马·本·拉登的亲笔信被寄往全球各大媒体，信中解释了发动恐怖袭击的理由。这些理由包括了美国在中东地区的大量军事干预，西方通俗文化的氾滥（主要是对性、酒精的开放观念，这些观念对于拉登、基地组织、塔利班政权或其他一些伊斯兰基本教义派而言根本无法接受）等。这封信件在很大程度上被轻视，而美国政府依然坚持，发动袭击的主要原因是恐怖份子的反美情绪爆发。

袭击事件发生后，美国政府处于高度戒备状态，严防类似恐怖袭击事件，并多次发布新一轮袭击警报。9月底，在美国各地爆发了多起炭疽菌感染案件，虽然至今没有发现此事件与九一一有关，但在2002年3月曾一度传言，一名劫机者曾感染炭疽菌。