1949年，毛泽东进北京。
1949年2月，解放军举行了入城式。按计划，5月党中央就要正式进入北平了。然而，在当时情况复杂、时间紧迫的情况下，若不采取断然措施彻底铲除这些特务、间谍组织等，就不能保证党中央、毛主席进入北平时的安全。当时中共代表团团长是叶剑英，其主要助手就是中央社会部部长、北平军调处执行部中共代表团委员兼秘书长的李克农。面对复杂混乱的北平城，李克农再次陷入沉思中。李克农首先从分析敌人的心理入手。他认为，眼下敌特的情况虽然复杂，但面对浩浩荡荡的人民解放军，已如惊弓之鸟。为此，他决定争取敌人主动自首，以此为突破口，查找线索，将暗藏的敌人一网打尽。这样，既可以争取到一大批人，也可以大大挫伤敌人的气势。于是，李克农下令北平市公安局侦讯处，立即开展对国民党各系统特务分子的秘密自首登记工作。果不其然，在不到两个月的时间里，一传十，十传百，前来自首登记的特务一下子达到了2000多人。随后，北平公安机关根据自首人员提供的情况，对一些顽固分子进行了大搜捕，很快北平的混浊杂乱的状况便有了明显好转。
1949年3月23日，由于李克农的决策和北平公安局的出色工作，党中央、毛泽东决定提前进入北平。是日，载有中央五大书记的车队离开西柏坡，沿着山间公路向东北方向疾驶。当夜，毛泽东等在唐县住了一宿，24日便赶到河北省会保定，在听取了河北省委的工作汇报后，傍晚进入涿县。在涿县稍事休息后，毛泽东改乘由叶剑英安排的专列，在刘亚楼的陪同下，于25日清晨天刚蒙蒙亮时，顺利抵达北平清华园车站。按计划，毛泽东的专列应停在前门车站。由于李克农布置的大批便衣在前门一带发现异常情况和可疑人员活动，为确保安全，中央根据李克农建议临时改变了停车地点。毛泽东等在清华园下车后，守候在车站的李克农向周恩来作了简短的情况汇报。随后，毛泽东便按事先安排，在周恩来、李克农等的簇拥掩护下，改坐小车前往颐和园小憩。下午2点，毛泽东检阅了当地驻军。晚饭后，他又与李济深等十几位高级民主人士商谈召开政协会议事宜，直到深夜12点。这一天，毛泽东的日程安排格外紧凑，而担任安全保卫工作的李克农等，精神更是处于高度紧张中。
当时，尽管肃特工作成效显著，但因北平历史背景较复杂，仍有不少敌特人员潜伏在城内没被肃清。为确保万无一失，李克农向中央建议迁北平后暂时不进城，住在香山。在征得中央同意后，李克农随即叫来北平市公安局秘书长刘进中，让他负责毛泽东的随卫工作，接着就赶往香山，亲自检查毛泽东住所去了。凌晨两点，在香山双清别墅，为迎接毛泽东的到来，李克农正指挥警卫战士进行最后一次彻底清查。获悉毛泽东已经出发前来的消息，李克农吩咐便衣队队长高富友速到毛泽东下车处进行保卫工作，他自己准备清查完没有问题后再去迎接。就在这时，李克农接到警卫战士一个惊人报告：在预备给毛泽东居住的房间一角，发现一枚炸弹!按说，双清别墅有哨兵日夜看守，事先曾多次进行排查，应该是滴水不漏的。只是李克农心细，才让战士们进行最后一次检查，没想到真的出了问题。面对炸弹，在场所有的人都惊呆了。不过，随着李克农一声“愣着干嘛!”的吼叫，大家很快回过神来，开始对中央首长的所有住处再次进行了全面、彻底的检查。45分钟后，在确信有惊无险、没有其他隐患的情况下，毛泽东等才进入各自房间居住，直到当年6月份他们才搬进城里办公。那时，毛泽东对香山“情有独钟”，拒绝住进中南海，进城后他白天在中南海办公，夜里仍回双清别墅或玉泉山休息。然而，对于发现的那枚炸弹，当时却一直没能破案。直到后来，从一个被抓获的特务嘴里，李克农才了解了事情的真相。原来，香山上的一个老尼姑是国民党特务，炸弹是她搞的鬼。可是，在当时警戒森严的情况下，她是如何进入毛泽东住处并放置炸弹的，至今仍是一个未解之谜。为此，李克农愧疚、反思了很久。
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