1938年7月和9月，阎锡山在吉县古贤村召开了两次高级军官和文职干部会议。阎锡山虽然没有正面反对新军，却费尽心机，挑动、鼓励旧军军官来反对新军。他居心叵测地对旧军官说：“这次会议是给你们开追悼会的。但是，如果你们懂得了道理，也可以说是庆生会。”“现在你们的力量大大减少，再这样下去，不到3个月，你们就全完了。所以预先给你们开个追悼会。”他还用激将法挑动说：“你们反对新军。反对薄一波他们，你们算什么?薄某人是大骡子拉马车，轻松得很，你们这些人哪个能赶上他?哪一个够格?”“欲存在，须以弱变强；欲成功，须以弱胜强。”

吉县会议前后，阎锡山一面积极安排投降、反共、倒退，一面与薄一波领导的新军虚与委蛇。高度警觉的薄一波，也采取了一系列措施，准备可能出现的破裂。薄一波回忆说：

1938年5月底，决死一纵队纵队长鲁应麟(旧军官)趁我不在部队之机，命令部队打临汾、打王陶(沁源北部的日军据点)，强攻日军坚固工事，打阵地战，牺牲多少人他也不在乎，阴谋假手日寇消灭新军。我从阎那里开会回来，批评他，他不接受，我就拿出《山西青年抗敌决死队政治委员制度条例》，对他说：“这里规定：政治委员为部队中之最高首长，我的命令，你要服从。你不听，你就走!我不要你。”又对他说：“你可以带上警卫员和你的左右手，其他一概不能带。”就这样把他赶走了。……和旧军官作斗争，我们积累了丰富的经验，斗争的方式也多种多样。……这样，到1938年下半年，我们不但在政治上掌握了部队，军事指挥权也基本上拿过来了。当然，这里说的旧军官，不包括许多进步的、中间的(大部分是非阎嫡系)军官。

吉县会议以后，国内的政治形势也发生了急剧的变化。1939年，中国的抗日战争进入战略相持阶段。在长期抗战的困难面前，一些人对抗战前途发生了动摇。汪精卫投敌在前，国民党五届五中全会在后，阴谋牺牲中国的远东慕尼黑也一直在酝酿。一时间，对外妥协、对内积极反共的乌云笼罩了全国。

新年伊始，阎锡山就在吉县五龙宫召开部分晋绥高级军官会议，要求陈长捷、王靖国等旧军将领实行强民政治。这次会议刚结束，国民党五届五中全会随即召开，确定“溶共、防共、限共、反共”方针，秘密通过《防制异党活动办法》。这一“巧合”表明，阎锡山这一时期政策的改变与一些人对日妥协动摇的想法是一致的；而国民党所确立的反共政策，又加速了阎锡山在山西的反共。不久，阎锡山就明确提出了反共的想法：“不能同共产党合作，‘道不同，不相谋’。”在蒋介石发动的第一次反共高潮中，阎锡山告诫手下：“天要下雨，要赶快备雨伞。一落人后，就要吃大亏。”为了实现这一主张，改变3年来实行的联共抗日路线，阎锡山于1939年3月25日至4月22日在秋林镇召开了师长及独立旅长以上军官、各区专员及保安司令以上行政区干部、公道团主要领导干部、牺盟会各中心区及部分县特派员等参加的军政民高级干部会议，这就是有名的秋林会议。

以薄一波为首的牺盟会、决死队的主要领导干部都参加了，旧派的主要领导人也都参加了。有一天，阎锡山在会上公开地说：“我昨天晚上做了一个梦，梦见一个人对我说：你不要看不起你过去用过的那个破车，那个破车可以把你拉到目的地，只是慢一点而已，你不要相信你现在用的那个新车，这个车可以飞得快，但也可以把你翻倒在地。”这无疑在宣称他以前依靠牺盟会和新军是错了，要抛弃“新车”用“旧车”。因此，他对军政干部职务和职权作了重新分配，把陈长捷、王靖国等一些旧军官提升为集团总司令。而对薄一波为首的牺盟会和新军的领导者则予以调职。薄一波回忆说：

会议的中心内容就是一条：取消新军政治委员制度，文官不能兼任军职。阎宣布：这是蒋委员长的命令，我实在不能不执行。此外，会议还讨论了取消战地动员委员会，限制牺盟活动，缩小专员权限，取消进步法令等内容，也都是围绕着取消新军政委这个中心内容提出的。会议表面上一直是温和的，实际斗争非常紧张激烈。阎锡山装出一副可怜相，说他的处境很困难，全国都没有文官兼军职的，现在蒋介石在压他，要我们取消政治委员，帮他过这一关。会上，二纵政委张文昂表现慷慨激昂，说：“你不要我们就算了，我们搬上铺盖就走。你不让行政官员带兵，我现在就辞掉专员，留下政治委员。”我的表态只是一句话：“政委制不能取消。山西搞了这么些时候，就是搞了些新军，帮助了阎先生抗战。现在这样不行。”阎锡山看到说不服我们，又从重庆调回赵戴文和赵丕廉。他们两人当时在重庆国民政府担任要职，是我和张文昂在山西国民师范学校读书时的前后两任校长。这两位校长找我们两人谈了一上午。谈得很和蔼、亲切，似有难言之隐。最后，赵戴文对着我俩说：“阎先生碰到了困难，只要你们现在帮帮他的忙，渡过困难，日后他会报答你们的。”阎还表示，要我担任山西省建设厅厅长，主持省政府工作，我断然拒绝了。这样软缠硬磨了几个月，最后还是要按照“蒋委员长的决定”办。……

到了5月底，我们的人陆续都回去了，但阎锡山还把我留下不准回去，戎子和同志等着和我结伴同行，也留下来，阎、梁对决死队早有个估计：一纵百分之百是共产党的；三纵百分之百是他们的；二纵是一半对一半，是斗争的焦点；四纵没有专员兼政委的问题，但估计也是一半对一半。当然，这只是阎、梁的估计，实际上我们党在三纵有相当的力量，在二纵的力量也远远超过“一半对一半”。当时我们已经看出，阎要“摊牌”了，同时估计，斗争的焦点是在二纵队。果然，阎锡山“摊牌”了。他对我说：“文官不能兼军职是蒋委员长的决定，只能执行。我们必须取消专员兼任的政治委员。”为了摆脱阎的羁绊，及早返回部队，我对阎说：“化之说得对，决死一纵队完全是共产党掌握的，即使取消了政治委员，也不可能回到山西旧军序列。不过，我回去，还可以做点工作，你看怎么样?”阎犹豫好久，说：“也对。”便让我回来了。我是同戎子和一起回晋东南的，这时已经是1939年6月初了。

秋林会议就成为阎锡山由联共抗日转向积极反共的转折点。已经准备好“雨伞”的阎锡山要动手了。

从秋林回到太岳后，薄一波立即向北方局汇报了秋林会议的情况和研究的对策，北方局完全同意他们对形势的分析和布置。1939年8月6日，北方局专门发出《制止阎锡山之动摇与巩固山西统战的指示》。9月21日中共中央发出《关于在山西开展反逆流斗争的指示》，接着中央又用山西省委名义发出了《关于坚持山西抗战克服危险倾向的宣言》。号召干部分析形势，部署行动。薄一波回忆说：

这时我已经从专区搬到决死一纵队司令部。6月在沁源活凤村召开了决死一纵队第三次全体干部会议(也叫活凤会议)，对切实掌握武装作了具体布置。11月初，又召开了决死一纵队第四次扩大干部会议，我作了《如何克服目前时局危机与坚持长期抗战》的报告，指出妥协投降的危险十分严重，山西顽固分子反共、反决死队、反牺盟会、反敌后抗日根据地的活动日趋严重。因此，要切实加强思想上的准备，认清妥协投降的危险形势。特别提醒大家要吸取1927年大革命失败的教训，当时就是因为思想上没有准备，使轰轰烈烈的大革命葬送在血泊之中。我还强调提出，要加强组织上的准备，掌握部队，进一步巩固政权，准备在顽军进攻的时候，进行坚决的武装斗争。

1939年下半年，新军各纵队都作了不同的准备，我和新军各纵队之间都通消息。……一纵队早已对反动的旧军官做过清洗，尚余旧军官100多人，其中有不少是进步的或比较进步的，梁述哉等。我把他们集合起来，对他们说：“我们过去处得并不错，或者说很好，但现在形势发生了变化，形格势禁，决定你们现在一起到路东(白晋线东)抗大分校(校长罗瑞卿)去学习。”……他们的职务，由政工干部取代。我向这些政工干部提出：“你们虽然过去做政治工作，但是也受过军事训练，还有一些实战经验。现在你们只要把枪保持住，把部队保存在我们手中，就是胜利。”

秋林会议以后，阎锡山一直在准备力量，观察形势，等待解决新军和一切进步力量的时机。1939年12月1日，阎锡山以对日军发动“冬季攻势”为名，命令决死二纵队于12月5日向灵石、霍县段的同蒲路实行破击；同时命旧军为“预备队”，置于新军之后。就在二纵队准备向日军发动攻势之际，旧军从背后向二纵队开了枪。二纵队政委韩钧立即给阎锡山发电报：总座伯川先生：

六十一军欺我太甚，甘作汉奸。学生誓与二纵队万余健儿，为总座争一伟大胜利，兹定于十二月十二日誓师。此后半月内，恐无暇报告钧座。将在外君命有所不受，此是生报告恩师最后之一言，胜利的结果将见。学生韩钧敬叩印

阎锡山收到电报，立即召开高干会议，在会上宣读了韩钧的电报。他说：“韩电对我不称长官而称老师，不称职而称学生，并说十二月十二日誓师，表示不相隶属了，韩钧反了！”以此为借口，宣布韩钧“叛变”，通电全国，进行讨伐。酝酿已久的晋西事变终于爆发了。

阎锡山原以为在“晋绥军中，以我的地位为最高，就作官说，我要舒服，谁也不能阻挡我”，事变前，他与梁化之估计，经过这么长时间的部署，除了薄一波领导的决死一纵队共产党力量强大，不易得手外，其余的三个纵队他们都可以控制，只要他一下命令，他的“扫荡晋西南，掌握晋西北，摩擦晋东南”的行动总方针就可以大功告成。但是，他低估了以薄一波为首的共产党人的力量。在事变前薄一波的周密部署，已经尽可能地做到了防患于未然。事变中，薄一波发电要求所有新军部队，必须明确表态站在二纵队一边，予以支持。一纵队也动员了三个主力团，准备前去支援。各部队和牺盟会的领导人，也纷纷致电阎锡山，抗议王靖国、陈长捷、赵承绶、孙楚挑起的反革命事件。与此同时，八路军大力协助新军。因而，事变的结果远不像阎锡山计划的那样美妙。

事变中，新军除了三纵队有4个团，二纵队有极小部分分离出来外，其余33个团全部离开阎锡山。阎的部队虽然扫荡了晋西南，却在晋西北遭到彻底失败，晋东南也让国民党的中央军乘机插足进来。他的地盘损失了四分之三。他更不愿意看到的是，螳螂捕蝉，黄雀在后，蒋介石已经乘机把手伸向山西。1940年1月30日，国民党军令部下令：“胡宗南部派两师增援晋西，归阎长官指挥，……以卫长官统一指挥晋东南之中央军及孙楚部。”大有在山西取代阎锡山之势。续范亭形象地描绘说：阎锡山发动晋西事变，是“阎王定下杀马计，跑了马儿又伤身”。

事变以后，中共中央审时度势，科学地分析当时的形势，既看到了阎锡山在坚持华北抗战中还有一定的进步性和重要性，又看到了蒋介石要搞掉阎锡山孤立共产党的企图，等等，因而提出了调停的建议。中央指示薄一波等人，在痛斥阎锡山的部下进攻新军、破坏牺盟会，残杀抗日人员的罪行以后，要表示愿意和平解决山西内部问题，并愿意在阎锡山领导下继续团结抗日，以免被敌人利用。